בשאגת ארי' (סי' ל. וכן בעוד ספרים) שקלו וטרו באריכות בביאור פסק הראב"ד שכלאים הותרו בבגדי כהונה כאשר נמצאים במקדש, גם שלא בשעת העבודה (ראה השגות הראב"ד הל' כלי המקדש פ"ח הי"א, והשגתו בסוף הל' כלאים), משא"כ גבי ציצית שהותרו רק בשעת קיום המצווה. וכמו שכתב (בהשגות להל' ציצית פ"ג ה"ט) דזה שנשים שרצו להתעטף בציצית, מתעטפות ללא ברכה – היינו "דוקא בציצית שאין בה כלאים". שהרי אינן מצוות, וכאמור, לשיטתו לא הותרו כלאים בציצית אלא במקום מצווה.
ויש לבאר את החילוק בין בגדי כהונה וציצית בפנימיות הדברים:
בטעם איסור כלאים מבאר ה"בחיי" (קדושים יט, יט) ע"פ קבלה, שהוא משום שאין לנו לערב כוחות שונים, טוב ורע, ו"על כן נאסר לנו הכלאים כי הוא חבור שני קצוות", כי עלינו "להתרחק מרוח הטומאה ולהתקדש ברוח הקודש".
ומה שהותר איסור זה בציצית ובמקדש – כתב ב"ילקוט חדש" (ערך אדם סעיף עז, הובא ב"אור התורה" לצ"צ פ' תצא ריש ע' תתקס) שהוא מפני ש"הקדושה כל כך גדולה שם, עד שאין כח כלל לסטרא אחרא". והיינו, ש"רוח הטומאה" בטלה בקדושה, וממילא אין כאן תערובת כלאים דטוב ורע.
ועפ"ז מובן החילוק בין בגדי כהונה וציצית:
בבגדי כהונה בטל איסור כלאים מחמת קדושת המקדש, שכיון שכולו קודש ואין שם "רוח הטומאה" ח"ו לכן אין שם "כוחות שונים" אלא הכל נחשב מין במינו, ובטל הגדר דכלאים. וזהו הטעם לכך שהיתר זה הוא גם שלא בשעת עבודה, כי כל זמן שנמצאים במקום המקדש הרי קדושת המקדש מבטלת את הכלאים.
משא"כ הציצית שאין בה "שום קדושה כלל" ("תורה אור" מג"א ק, א), ו"אין בעצמן שום קדושה רק שמשתמשין בהן לשם מצוה" (שו"ע שלו סכ"א) – אינה מבטלת את הרע, אלא במקום מצווה, שכן רק קדושת המצווה (ולא הציצית עצמה שאין בה קדושה), בכוחה לבטל את רוח הטומאה ולהתיר את איסור הכלאים.
(ע"פ לקוטי שיחות חלק ל"ו, עמ' 155 ואילך)
